Jugaba rugby como muchos de los estudiantes del exclusivo colegio jesuita Stonyhurst College en Inglaterra. José Aldunate, hijo de Carlos Aldunate y Adriana Lyon, nació el 5 de junio de 1917 en una familia de la aristocracia chilena. Su abuelo paterno, Carlos Aldunate, era miembro del partido conservador; mientras que su abuelo materno, Thomas Lyon, vivía en la gran casona que hoy es la embajada Argentina. Al regresar a Chile, José Aldunate ingresó al Colegio San Ignacio. En los retiros espirituales ofrecidos allí decidió seguir los pasos de su hermano mayor, Carlos, e ingresar a la Compañía de Jesús.
En marzo de 1933, inició su etapa como novicio jesuita en Chillán, continuando luego sus estudios de teología en Argentina. Se ordenó sacerdote el 23 de diciembre de 1946 en Buenos Aires. Viajó a Roma para estudiar teología moral en la Universidad Gregoriana y luego a Lovaina, en cuyo universidad obtuvo el grado de Doctor en teología.
A su regreso a Chile, su primera tarea fue acompañar al padre Alberto Hurtado en su trabajo con los trabajadores que participaban en la Asociación Sindical Chilena (ASICH). En paralelo ejerció como profesor de moral en la Facultad de Teología de la Pontificia Universidad Católica de Chile. Con el tiempo asumió distintas responsabilidades en la provincia chilena de la Compañía de Jesús. Fue maestro de novicios, director de la revista Mensaje y Provincial. Los años 60 están marcados por cambios profundos en la Iglesia Católica. Fue el tiempo del Concilio Vaticano II y, en Latinoamérica, de la conferencia episcopal de Medellín. José Aldunate vivió este tiempo como un despertar de una nueva conciencia de la iglesia en Latinoamérica, más cercana a los pobres, a los excluidos y a quienes sufren injusticias.
Así como San Pablo tuvo su encuentro vital en el camino a Damasco, José Aldunate lo tuvo en el desierto de Atacama, en Calama. En 1973 aceptó la invitación de un cura holandés llamado Juan Caminada, para participar junto a otros religiosos en un mes de reflexión. El tema era la posibilidad de que sacerdotes participaran de la experiencia diaria que viven muchas personas, a saber, ser obreros. Para Caminada era necesario que un sacerdote conociera la realidad diaria de los obreros pues solo trabajando con ellos y viviendo en sus poblaciones se podría conocer la Iglesia del pueblo. José Aldunate vive el golpe militar trabajando como obrero en una construcción en Concepción. Luego se traslada a Santiago donde continuó como cura obrero en en una población en Cerrillos, donde vivió junto al jesuita Ignacio Vergara y en la población El Montijo de Pudahuel.
En los días grises de la represión dictatorial, José Aldunate participó junto con otros curas ayudando a personas a ingresar como asilados a las embajadas. También acompañó a los familiares de los detenidos desaparecidos en sus intentos por conocer el paradero de sus seres queridos. Tiempo después, junto a un grupo de laicos, formó el movimiento contra la tortura Sebastián Acevedo. El objetivo del grupo, cuyo nombre honraba a un padre que se inmoló por la desesperación de no encontrar a sus hijos, fue manifestarse pública y pacíficamente contra la tortura, con el fin de acabar con su práctica.
Su experiencia como observador de la represión militar y su conocimiento de los testimonios de violaciones a los derechos humanos, lo condujeron a formar junto con otros cristianos una publicación clandestina cuyo título fue “No Podemos Callar”. Su objetivo era dar a conocer y reflexionar sobre las realidades silenciadas durante el régimen militar. Es por ello que en sus páginas encontramos junto con textos que denunciaban desapariciones y torturas, otros donde se analizaban los derroteros de la situación nacional. Por razones de seguridad, el año 1981 la publicación cambia de nombre, pasando a denominarse “Policarpo”.
En paralelo a su activismo político, el padre Aldunate escribió textos sobre teología, moral y derechos humanos. Luego del regreso de la democracia, el Padre Aldunate continuó escribiendo columnas de opinión en el diario La Nación y acompañando a agrupaciones de derechos humanos, además de participar en la recuperación del sitio de Memoria de Villa Grimaldi.
Producto de sus múltiples acciones por los derechos humanos, en el año 2006 fue reconocido con el Premio Nacional de Derechos Humanos, entregado por el Instituto Nacional de Derechos Humanos. El 28 de septiembre del 2019 falleció los 102 años.
