Fue un músico y compositor del Barroco americano, período también conocido como música virreinal americana. Alrededor de 1670 fue nombrado maestro de capilla en la Catedral de Lima. Posteriormente viaja a Panamá y probablemente a Guatemala. De vuelta en Perú, es contratado como maestro de capilla de la Catedral de Cuzco, y en 1680 de la Catedral de Sucre, donde permanece hasta su muerte.
Fue un compositor de música del barroco. Su obra, rescatada de los archivos de la Catedral de Puebla por musicólogos del siglo XX, está considerada entre las más sobresalientes del barroco español.
Su testamento, firmado el 18 de marzo de 1664, en Puebla, dice: "nací en Málaga, Reino de Castilla de donde soy natural, en el año de 1590". Sus padres Juan Gutiérrez de Padilla y Catalina de los Ríos lo ingresaron en el Colegio de San Sebastián de la Catedral de Málaga bajo el magisterio de Francisco Vázquez, donde sirvió como niño cantor. Ahí recibió sus primeras lecciones de canto llano y de canto de órgano. Después de la muerte de Vázquez aspiró al cargo de maestro de capilla de la catedral de Málaga, sin obtenerlo; no obstante, al año siguiente, logró superar a tres maestros postulantes al mismo cargo, pero en esta ocasión, de la Colegiata de Jerez de La Frontera en donde permaneció solo tres años, de 1617 a 1622, pasando a la Catedral de Cádiz en el mismo puesto y habiendo obtenido las órdenes eclesiásticas. Según registros de la propia Catedral era un maestro muy apreciado por su magnífico desempeño.
Fue un compositor español, perteneciente al periodo del Barroco.
Fue un compositor ítalo-español del Barroco. Está considerado como el compositor europeo más famoso que haya viajado hacia América durante el período virreinal, y también el músico más dotado que haya contribuido a las misiones jesuíticas en el continente.