Inicia su incursión en la música como pianista, bajo la tutoría de su madre, sin embargo, desvía su atención a los instrumentos de cuerda. Así encuentra el cello y comienza su educación formal en el Conservatorio Nacional a los 8 años de edad. Durante sus estudios explora integrando diversos ensambles y colabora estrenando obras de estudiantes de composición. Ya terminado su pregrado en 1960, Fischer gana una beca para viajar a Puerto Rico al Festival Casals e International String Congress. Ese mismo año es becado para perfeccionarse en Hartt College of Music bajo la tutela de Luigi Silva por un año. Al año siguiente se le otorga una beca para continuar sus estudios en Juilliard School of Music, donde estudia con Luigi Silva hasta su fallecimiento y con Leonard Rose. Durante sus estudios Fischer continúa participando en festivales internacionales e integrando ensambles como el Cuarteto Fromm, creado por la Fundación Fromm, en el marco del Festival Tanglewood para estrenar obras de compositores contemporáneos. Tras la obtención de su Perfomance Diploma en 1963, gana un puesto en la National Symphony Orchestra, en Washington D.C. y el mismo año gana el primer lugar en el concurso de la New York Summer Festival Orchestra, interpretando Dvorak como solista. Tras seis meses en la NSO, viaja a Chile por un año y forma la Orquesta de Cámara de la P. Universidad Católica de Chile junto a Fernando Rosas, se une a la Orquesta Sinfónica de Chile y contrae matrimonio.
A mediados de la década de 1960 Fischer se radica en Suiza con su pareja e ingresa como primer cello a la Camerata de Lysy en el marco de un curso de verano, lo que permite interpretar obras como parte del ensamble y como solista. La relación con esta Camerata se mantendría, sin embargo, durante varios años. Después de algunos meses en Italia y de vuelta en Suiza, Edgar Fischer obtiene en 1967 el puesto de segundo cello solo en la Orquesta de Cámara de Lausanne, además de ganar ese mismo año el segundo premio en el Concurso Internacional de Cello de Ginebra. De manera paralela a su desempeño orquestal entre 1962 y 1972 participa en el Trío Fischer junto a su hermana Edith y el violinista Stefan Romascano. El conjunto realiza una prolífica actividad musical en Europa, interpretando el diverso e inmensurable repertorio para esta formación. Como parte de su trabajo, el Trío graba un disco de compilación de obras de Brahms y Weber junto al sello suizo Claves. En 1970 participa en el Concurso de Cello de Berna, obteniendo el premio del público. Ingresa dos años después como profesor de cello en el Conservatorio de Laussane, paralelamente a su trabajo con la Orquesta de Cámara de la misma ciudad. Luego de una década de conciertos y grabaciones, el Trío Fischer concluye sus actividades en 1972, poco antes de la muerte de su violinista en 1973.
Fischer continúa en Laussane hasta su ingreso como primer cello solo a la Orquesta de la Suisse Romande en 1974, lo que no solo le permite continuar adquiriendo experiencia orquestal, sino que también le abre la posibilidad de tocar como solista bajo la batuta de reconocidos directores. Su paso por la Suisse Romande culmina en 1981 con su retorno a Chile y su ingreso como profesor titular de cello en el Instituto de Música de la Universidad Católica. El mismo año se integra al Trío Arte junto al violinista Sergio Prieto y la pianista María Iris Radrigán, quien se convertiría en pareja de Fischer. A dos años de haber llegado a Chile y la fundación del Trío Arte, Fischer gana el Premio del Círculo de Críticos de Santiago. El trabajo del Trío Arte los lleva a tocar en algunos de los escenarios más populares del mundo, ganándoles el reconocimiento de la crítica nacional e internacional. Además de sus incontables conciertos en vivo, el Trío graba múltiples discos interpretando repertorio diverso, desde tríos emblemáticos como los de Schubert y Brahms, hasta obras compuestas exclusivamente para ellos, como Trío 1982 de Alejandro Guarello. Su paso por Europa durante giras con apoyo de la Universidad Católica y el Ministerio de Relaciones Exteriores de Chile, además de sus conciertos y clases magistrales en Chile, además del constante contacto y colaboración con músicos y compositores, consagran al Trío Arte como uno de los tríos más relevantes de su época. Paralelamente, Radrigán y Fischer comienzan su propio proyecto, el Dúo Fischer-Radrigán, que les permite incursionar en un repertorio más amplio y variado, familiarizándose más profundamente con la música contemporánea. En 1991 y luego de 10 años de intenso trabajo como ensamble de cámara, el Trío Arte cesa sus actividades.
Durante su tiempo como docente del Instituto de Música UC, Edgar Fischer forma a destacados cellistas como Rodrigo Díaz, Cristián Gutiérrez, Cristián Peralta, Violeta Mura, Isidora Edwards y Alejandro Tagle. Su labor durante las décadas en que se desempeña como formador también incluye un importante trabajo con ensambles y estudiantes en clases magistrales, por ejemplo, junto a la Fundación de Orquestas Juveniles e Infantiles de Chile, la Escuela de Extensión Artística en Antofagasta y, fuera de Chile, en España, Perú y otros países. Entre 2002 y 2004 colabora junto a Radrigán como profesor de cello en el Festival de Piano y Música de Cámara en Blonay en Suiza, organizado por su hermana Edith, continuando el legado familiar de formación de músicos. Tras su jubilación en 1997, Edgar Fischer continúa su actividad con grabaciones y programas para ARTV junto a Jaime Donoso, además de ocasionalmente impartir clases particulares. Sus hijos Rodolfo y Alicia Fischer continúan la tradición familiar musical, a través de la dirección orquestal y el violín, respectivamente.
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