El Ministerio de Agricultura, Industria y Colonización fue creado en 1924, mediante el DL N° 43. Entre otras funciones, se le asignaron la protección de las industrias agrícolas, reglamentación de la caza y de la pesca, control de los yacimientos guaníferos, fomento del crédito agrícola y todo lo relacionado al ramo de Colonización.
Posteriormente, en 1927, con el Decreto N° 7.912, se modificó su nombre a Ministerio de Fomento, entre cuyas atribuciones estaban comprendidas las relativas al gobierno del sector agrícola.
Finalmente, el 1 de agosto de 1930, el Ministerio del Interior dictó el Decreto N° 3.524, que creó el Ministerio de Agricultura, el que, desde ese momento, actuó como una Secretaría de Estado independiente, sobre la base del Departamento de Agricultura del Ministerio de Fomento. A esta nueva cartera se le asignó como misión propender al desarrollo y fomento de la producción agrícola y de la enseñanza de la agricultura.
El Instituto de Desarrollo Agropecuario (INDAP), es un servicio dependiente del Ministerio de Agricultura, creado el 27 de noviembre de 1962, cuyo mandato está establecido por la Ley Orgánica 18.910, modificada por la Ley 19.213 en mayo de 1993.