Es un académico e historiador chileno, que obtuvo el Premio Nacional de Historia en 1992.[1] Principalmente ha centrado su investigación en la colonia y la conquista de Chile. Es profesor emérito de la Pontificia Universidad Católica de Chile (PUC) desde 2003, y miembro del cuerpo académico de la Universidad de Chile y de la Universidad San Sebastián.
Su trabajo sobre el pueblo mapuche fue descripto como "reaccionario" y miembro del "bloque liberal-conservador" de la historiografía, además de como una defensa de "un modelo único de racionalidad, de inspiración eurocéntrica, racista y violento". Las opiniones de Villalobos han generado polémica en los medios de comunicación. Villalobos rechaza el epíteto de racista puesto que dice "no creer en las razas" y que según su opinión "las llamadas razas o etnias, no se diferencian, a la larga son todas iguales".
