Este ministerio fue creado el 1 de febrero de 1837 bajo el nombre de Ministerio de Justicia, Culto e Instrucción Pública, durante el gobierno de José Joaquín Prieto Vial. Su primer ministro fue Diego Portales Palazuelos, quién debido que ejerció solo de forma interina, entregó el cargo, el 26 de junio de ese mismo año a don Mariano Egaña. En ese entonces la labor del ministerio era de preocuparse de todo lo relacionado con la legislación y de la conformación del Poder Judicial.En el año 1887 se le separa el departamento de Culto, que pasa al Ministerio de Relaciones Exteriores, pasando a ser el Ministerio de Justicia e Instrucción Pública. En el año 1927 se dicta la ley de ministerios, entre los cuales se encontraba el Ministerio de Justicia, que crea su vez el Ministerio de Educación. La actual ley orgánica entró en vigencia en el año 1981.El año 2016 el Ministerio cambió de nombre, pasando a llamarse Ministerio de Justicia y Derechos Humanos, al crease la Subsecretaría de Derechos Humanos, mediante la ley 20885, promulgada el 16 de diciembre de 2015 y publicada en el Diario Oficial el 5 de enero de 2016.