En enero de 1703, poco después de terminar los estudios y graduarse en San Miguel y de ser rechazado para el puesto de organista en Sangerhausen, Bach logró un puesto como músico de la corte en la capilla del duque Juan Ernesto III en Weimar. No está claro cuál fue su papel allí, pero parece que incluía tareas domésticas no musicales. Durante los siete meses de servicio en Weimar, su reputación como teclista se extendió tanto que fue invitado a inspeccionar el flamante órgano de la iglesia de San Bonifacio (St.-Bonifatius-Kirche, posteriormente Bachkirche, «iglesia de Bach») de la cercana ciudad de Arnstadt, a 40 kilómetros al sureste de Weimar, y a dar el concierto inaugural en él. La familia Bach tenía estrechos vínculos con esta vieja ciudad de Turingia, al lado del bosque de Turingia. En agosto de 1703, aceptó el puesto de organista en dicha iglesia, con obligaciones ligeras, un salario relativamente generoso y un buen órgano nuevo, afinado conforme a un sistema reciente que permitía el uso de un mayor número de teclas. En esa época, Bach estaba emprendiendo la composición seria de preludios para órgano; estas obras, inscritas en la tradición del norte de Alemania de preludios virtuosos e improvisados, ya mostraban un estricto control de los motivos (en ellos, una idea musical sencilla y breve se explora en sus consecuencias a través de todo un movimiento). Sin embargo, en estas obras el compositor aún no había desarrollado plenamente su capacidad de organización a gran escala y su técnica contrapuntística, donde dos o más melodías interactúan simultáneamente.
Las fuertes conexiones familiares y el hecho de estar empleado por un entusiasta de la música no impidieron que surgieran tensiones entre el joven organista y las autoridades después de varios años en el cargo. Johann Sebastian estaba insatisfecho con el nivel de los cantantes del coro. Llamó a uno de ellos «zippel Fagottist» (fagotista flojo). Una noche, este estudiante llamado Geyersbach fue tras él con un palo. Bach presentó una denuncia contra él ante las autoridades. Absolvieron a Geyersbach con una pequeña reprimenda y ordenaron a Bach que fuera más moderado con respecto a las cualidades musicales que esperaba de sus alumnos. Meses después, su empleador se mostró muy molesto después de que Bach se ausentara de Arnstadt sin autorización durante cuatro meses (había pedido permiso para ausentarse cuatro semanas) en el invierno de 1705-1706 para visitar en Lübeck al gran maestro Dietrich Buxtehude y asistir a sus Abendmusiken en la iglesia de Santa María (Marienkirche). Este episodio bien conocido de la vida del compositor implica que tuvo que andar a pie unos 400 kilómetros de ida y otros tantos de vuelta para pasar el tiempo con el hombre al que posiblemente consideraba como la figura máxima entre los organistas alemanes. El viaje reforzó el influjo del estilo de Buxtehude como fundamento de la obra temprana de Bach, y el hecho de que alargase su visita durante varios meses sugiere que el tiempo que pasó con el anciano tuvo un alto valor para su arte. Johann Sebastian quería convertirse en amanuense (asistente o sucesor) de Buxtehude, pero no quiso casarse con su hija, que era la condición para su nombramiento.
En 1706, le ofrecieron un puesto mejor pagado como organista en la iglesia de San Blas (Divi-Blasii-Kirche) de Mühlhausen, una importante ciudad al norte. El año siguiente tomó posesión de este mejor puesto, con paga y condiciones significativamente superiores, incluyendo un buen coro. A los cuatro meses de haber llegado a Mühlhausen se casó, el 17 de octubre de 1707, con Maria Barbara Bach, una prima suya en segundo grado, con quien tendría siete hijos, de los cuales cuatro alcanzaron la edad adulta. Dos de ellos —Wilhelm Friedemann y Carl Philipp Emanuel— llegaron a ser compositores importantes en el ornamentado estilo galante que siguió al barroco.
El ayuntamiento de la ciudad aceptó los requerimientos de Bach e invirtió una gran suma en la renovación del órgano de la iglesia de San Blas. En 1708, Johann Sebastian escribió la cantata festiva Gott ist mein König, BWV 71 para la inauguración del nuevo concejo de la ciudad, cuya publicación fue costeada por el ayuntamiento. En dos ocasiones, en años posteriores, el compositor tuvo que regresar para dirigirla.
Este período en la vida de Bach fue fructífero y comenzó una época de composición de obras para teclado y orquestales. Alcanzó el nivel de competencia y confianza para ampliar las estructuras existentes e incluir influencias del exterior. A la muerte del príncipe Juan Ernesto en 1707, su hermano Guillermo Ernesto había asumido el poder de facto. Por su anterior cercanía con el duque Juan Ernesto, que había sido a su vez un avezado músico y admirador de la música italiana, Bach había estudiado y transcrito las obras de Antonio Vivaldi, Arcangelo Corelli y Giuseppe Torelli, entre otros autores italianos, gracias a lo cual había aprendido a escribir aperturas dramáticas y a emplear los ritmos dinámicos y los esquemas armónicos que se encontraban en dicha música, asimilando su dinamismo y emotividad armónica, y aplicando dichas cualidades a sus propias composiciones, que a su vez eran interpretadas por el conjunto musical del duque Guillermo Ernesto. Absorbió estos aspectos estilísticos en parte mediante la transcripción de conciertos para cuerda y viento de Vivaldi a clavecín y órgano; muchas de esas obras transcritas son todavía interpretadas con frecuencia. Se sintió atraído especialmente con el estilo italiano en el que uno o más instrumentos solistas alternan sección por sección con la orquesta completa a través de un movimiento.
Continuó tocando y componiendo para órgano e interpretando música de concierto con el conjunto del duque. También comenzó a componer preludios y fugas, posteriormente recopilados en su obra monumental El clave bien temperado (Das Wohltemperierte Klavier), impresa por primera vez en 1801, que consta de dos libros compilados en 1722 y 1744, cada uno de los cuales contiene un preludio y fuga en cada tonalidad mayor y menor. Empezó a escribir el Orgelbüchlein (Pequeño libro para órgano), obra didáctica que dejó inconclusa. Contenía corales tradicionales luteranas arreglados en elaboraciones complejas para formar organistas.
En 1713, le ofrecieron un puesto en Halle cuando aconsejó a las autoridades durante la renovación de Christoph Cuntzius del órgano principal de la galería oeste de la Marktkirche Unser Lieben Frauen. Johann Kuhnau y Bach volvieron a tocar cuando se inauguró en 1716. En la primavera de 1714, Johann Sebastian fue ascendido a Konzertmeister, un honor que implicaba realizar mensualmente una cantata de iglesia en la iglesia del palacio. Las tres primeras cantatas de la nueva serie compuesta por Bach en Weimar fueron Himmelskönig, sei willkommen, BWV 182, para el Domingo de Ramos, que coincidió con la Anunciación de ese año; Weinen, Klagen, Sorgen, Zagen, BWV 12, para el Domingo de júbilo; y Erschallet, ihr Lieder, erklinget, ihr Saiten!, BWV 172 para Pentecostés. Su primera cantata navideña, Christen, ätzet diesen Tag, BWV 63, se estrenó aquí posiblemente en 1713. o si fue interpretada para el bicentenario de la Reforma Protestante en 1717.
En 1717, ocurre en Dresde el anecdótico intento de duelo musical con Louis Marchand (se dice que Marchand abandonó la ciudad tras escuchar previamente y a escondidas a Bach). Ese mismo año, con motivo del fallecimiento del maestro de capilla (o Kapellmeister) de la corte de Anhalt-Köthen y con la mediación del duque Ernesto Augusto —sobrino de Guillermo Ernesto, con quien se hallaba a la sazón en pleitos en aquel entonces—, el príncipe Leopoldo ofreció a Bach el puesto vacante, que aceptó. Esto disgustó al duque de Weimar y cuando el compositor presentó su renuncia, ordenó que le arrestaran por algunas semanas en el castillo antes de aceptarla.
El príncipe Leopoldo de Anhalt-Köthen contrató a Bach como maestro de capilla en 1717. El príncipe Leopoldo, que también era músico, apreciaba su talento, le pagaba bien y le dio un tiempo considerable para componer y tocar. Sin embargo, el príncipe era calvinista y no solía usar música elaborada en sus oficios religiosos. Por esa razón, la mayoría de sus obras de este período fueron profanas. Como ejemplo están las Suites para orquesta, las seis Suites para violonchelo solo, las Sonatas y partitas para violín solo y los Conciertos de Brandeburgo. También compuso cantatas profanas para la corte, como Die Zeit, die Tag und Jahre macht, BWV 134a
A pesar de haber nacido en el mismo año y de estar separados únicamente por alrededor de 130 kilómetros, Bach y Georg Friedrich Händel nunca se conocieron. En 1719, Johann Sebastian realizó un viaje de unos treinta kilómetros desde Köthen hasta Halle con la intención de conocer a Händel, pero este había abandonado recientemente la ciudad. En 1730, Wilhelm Friedemann, hijo de Johann Sebastian, se fue a Halle para invitar a Händel a visitar a la familia Bach en Leipzig. Sin embargo, dicha visita nunca tuvo lugar.
El 7 de julio de 1720, mientras Bach estaba de viaje con el príncipe Leopoldo en Karlovy Vary (en alemán ‘’Karlsbad’’) su esposa, Maria Barbara Bach, murió repentinamente. Algunos especialistas señalan que en memoria de ella compuso la Partita para violín solo n.º 2, BWV 1004, en especial, su última sección, la «Chacona». Al año siguiente, conoció a Anna Magdalena Wilcke, una joven y talentosa soprano, 16 años más joven que él, que cantaba en la corte de Köthen. Se casaron el 3 de diciembre de 1721. Juntos tuvieron trece hijos más, seis de los cuales alcanzaron la edad adulta: Gottfried Heinrich, Johann Christoph Friedrich y Johann Christian, que llegaron a ser músicos destacados; Elisabeth Juliane Friederica (1726-81), quien se casó con el alumno de su padre Johann Christoph Altnickol; Johanna Carolina (1737-81); y Regina Susanna (1742-1809).
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