El 2 de septiembre de 1817, fue promulgado el “Plan de Hacienda y de Administración Pública”, redactado por el Ministro Contador de la Tesorería General, Rafael Correa de Saa.
Los propósitos del Plan de Hacienda fueron organizar los servicios públicos, fijar las rentas fiscales y su correcta recaudación, desligándolos de su dependencia de la Corona española. Además, de salvaguardar ciertas garantías ciudadanas, como los procedimientos para la regulación de las contribuciones de guerra, respecto a la propiedad de empleos fiscales y honorarios, y cobro de las acreencias fiscales, entre otras regulaciones.
En suma, el Plan de Hacienda enseñaba criterios determinados en la adopción de reglas que permitieran la formación de una República Nacional. Tarea nada sencilla en tiempos en que la guerra absorbía la atención de todo el gobierno.
Posteriormente, el 30 de noviembre de 1927, fueron establecidas las atribuciones y deberes del Ministerio de Hacienda, mediante el Decreto con Fuerza de Ley N° 7912, “Ley General de Ministerios”.
El 24 de agosto de 1927, producto de las recomendaciones de la misión Kemmerer que asesoró al Gobierno de Chile en la organización de la administración financiera del Estado, se creó mediante el Decreto N° 1.924 la Oficina de Presupuestos y el 9 de enero de 1929 se publicó la Ley N° 4.520 Orgánica de Presupuestos.
En diciembre de 1959 se publicó el DFL N° 47 que derogó la Ley N° 4.520 e introdujo innovaciones y modificaciones sustanciales en las técnicas presupuestarias. En 1960 la Oficina de Presupuestos pasó a llamarse Dirección de Presupuestos y se crearon la Oficina Central de Organización y Método y la Escuela Nacional de Adiestramiento. En 1970 se instauró la Subdirección de Racionalización y Función Pública, bajo cuya responsabilidad quedaron ambas oficinas.
Este ministerio fue creado el 1 de febrero de 1837 bajo el nombre de Ministerio de Justicia, Culto e Instrucción Pública, durante el gobierno de José Joaquín Prieto Vial. Su primer ministro fue Diego Portales Palazuelos, quién debido que ejerció solo de forma interina, entregó el cargo, el 26 de junio de ese mismo año a don Mariano Egaña. En ese entonces la labor del ministerio era de preocuparse de todo lo relacionado con la legislación y de la conformación del Poder Judicial.
En el año 1887 se le separa el departamento de Culto, que pasa al Ministerio de Relaciones Exteriores, pasando a ser el Ministerio de Justicia e Instrucción Pública. En el año 1927 se dicta la ley de ministerios, entre los cuales se encontraba el Ministerio de Justicia, que crea su vez el Ministerio de Educación. La actual ley orgánica entró en vigencia en el año 1981.
El año 2016 el Ministerio cambió de nombre, pasando a llamarse Ministerio de Justicia y Derechos Humanos, al crease la Subsecretaría de Derechos Humanos, mediante la ley 20885, promulgada el 16 de diciembre de 2015 y publicada en el Diario Oficial el 5 de enero de 2016.
Fue creado por el Decreto Ley Nº 2.465 del 10 de enero de 1979, que constituye su Ley Orgánica publicada en el Diario Oficial el 16 de enero del mismo año. Un decreto supremo del 5 de diciembre de 1979 fijó la planta y el Sename entró en funciones el 1 de enero de 1980.
